La historia es narrada en primera persona por "Kyon", uno de sus compañeros de clase y la unica persona "normal" que logra hacer un primer contacto con ella. Kyon, de quien no conoceremos su nombre sino solo su apodo, recientemente ha decidido dejar atrás sus fantasias "infantiles" de extraterrestres,viajeros en el tiempo y organizaciones secretas, se encuentra entonces con Haruhi, que por el contrario busca fervientemente su existencia. Y sin quererlo le servirá de inspiración para crear un club que realmente satisfaga sus curiosos caprichos.

Sin embargo, este hecho aparentemente inofensivo desencadenará una serie de fuerzas que harán cuestionarse a Kyon acerca de lo que él considera como el mundo "real".